Il completamento dei restauri del complesso architettonico della Rocca Farnese ha permesso di realizzare nel braccio orientale della struttura, laddove nel Settecento furono realizzate le celle delle monache di clausura, appositi spazi funzionali fra cui quelli dedicati all’archivio fotografico e documentale. Recentemente riordinato, esso raccoglie materiale sia in formato cartaceo sia digitale relativo alle numerose e varie attività svolte dal museo dalla sua istituzione fino ad oggi. Fra i numerosi documenti, si segnalano in particolare la raccolta di disegni e fotografie di reperti archeologici, realizzati durante i vari lavori di ricerca svolti dal museo e le schede di catalogo dei beni archeologici conservati ed esposti presso il museo, oltre che le schede dei beni storico-artistici presenti nel territorio di Valentano. Sono conservati, infine, in questo archivio tutti i documenti amministrativi riguardante l’Istituto. L’archivio è aperto al pubblico su richiesta motivata da concordarsi via posta elettronica con la direzione del museo.